Kariyerine Ulaştırma ve Altyapı Bakanlığı’nda sörvey olarak başlayan Bankaoğlu, sırasıyla Fethiye Liman Başkanlığı, ve İstanbul Liman Başkan vekilliği yaptı. Bankaoğlu ardından Kıyı Emniyeti Genel Müdürlüğü’ne genel müdür yardımcısı olarak atandı.
Dokuz Eylül Üniversitesi Makine Mühendisliği bölümü mezunu olan Mustafa Bankaoğlu, yüksek lisansını da aynı okulda gemi inşa üzerine yaptı.
